Как все органические материи, цветочная пыльца нестойка. Большое содержание в ней влаги создает условия для развития плесеней и ферментов, разрушающих ее ценные составные элементы и делающих ее негодной для употребления. Собранная ручным способом или пыльцеуловителем цветочная пыльца теряет свою биологическую активность на 62% уже через 5 часов. Сохраняемая при температуре ниже 0°С не теряет активности в течение 6—12 месяцев. Перга, благодаря высокому содержанию сахаров, молочной кислоты и др., сохраняется долгое время в улье и вне его. Хюгель считает, что пыльца через год хранения теряет 75% своей питательности, а через 2 года становится бесполезной. Исследователи рекомендуют два способа хранения цветочной пыльцы: сушка пыльцы и хранение при указанных выше условиях или консервирование в пчелином меде.

Для устранения влаги цветочную пыльцу необходимо высушить. Пыльцу насыпают тонким слоем на чистую бумагу и сушат в хорошо проветриваемом темном помещении. После этого укладывают в темную стеклянную банку и закрывают герметически. Пыльца сохраняется при температуре ниже 0°С.

Лучше всего цветочная пыльца сохраняется путем консервирования в пчелином меде. Собранную пыльцу перемешивают с медом в определенном соотношении, кладут в стеклянную банку, герметически закрывающуюся, и обертывают темной бумагой. Рекомендуются различные соотношения цветочной пыльцы и меда — 1:1, 1:2 и т. д. Используется засахарившийся мед. Жидкий мед не подходит для этой цели, так как после смешивания цветочная пыльца, как более легкая, может появиться на поверхности.

Так же предлагается способ консервирования наподобие того, как пчелы консервируют пергу в улье. Растворяют 150 г меда в 0,250 л воды, нагревают не выше 40°С, затем прибавляют 1 кг сухой пыльцы и перемешивают до получения однородной массы, которую укладывают в чистую стеклянную банку. Банку ставят на 4—6 дней в теплое место при 35—40°С. После этого закрытую банку заливают сверху смесью воска и парафина (1:3) и сохраняют в прохладном сухом помещении.